一、关于财政补贴的所得税处理问题
企业收到财政补贴应区别情况，属于收到“成本补偿、费用补助及贷款贴息方式”的，应冲减相应的成本费用；属于“税收返还”的应按补贴收入征税；其他形式的专项拨款属于指定用途的款项，不属于企业所得税的应税所得，应按财政部门的相关文件和证明处理,如果形成资产，折旧允许在企业所得税前扣除。对企业取得的专项拨款不按规定用途使用的，应按补贴收入征税。
二、关于所得税汇算问题
1、2005年度企业所得税减免税报批程序和资料仍按原规定执行。
2、2005年度企业工效挂钩办法仍按大劳发[2004]87号文件执行（不含中直企业）。
3、2005年度房地产企业所得税政策仍按《转发国家税务总局关于房地产开发有关企业所得税问题的通知》（大国税发[2004]236号）执行。
4、2005年度企业发生的各项需审批的财产损失可以在2006年2月底前报送税务机关审批。
三、关于国产设备投资抵免企业所得税金额问题
《关于明确企业所得税若干业务问题的通知》（大国税发[2006]14号）中第十一条所称“应以收到国产设备合法增值税发票所列金额为国产设备投资额”是指发票所列价税合计额。